Příčiny hypotrofizace plodu jsou buď mateřské, placentární, nebo v samotném plodu.
Mateřské příčiny jsou jednak závažnější choroby matky jako hypertenze, preeklampsie, diabetes, onemocnění ledvin ap., dále pak těžké poruchy výživy (mentální anorexie, bulimie), kouření, abúzus tvrdých drog (heroin).
Placentární příčiny jsou buď anatomické, nebo funkční. Porucha anatomie je nejčastěji dána špatnou placentací či poruchou tvorby placenty. Funkční poruchy nejčastěji vznikají na základě změn v terminálním řečišti placenty způsobených onemocněním či chováním těhotné. Porucha interakce mezi mateřským imunitním systémem a plodovým vejcem vede rovněž ke změnám placentární perfúze.
Pokud je příčinou hypotrofizace samotný plod, jedná se nejčastěji o vrozenou vývojovou vadu.
